Ada sembilan tantangan untuk fokus pada ketika menggabungkan probiotik ke dalam matriks makanan. Mereka adalah: 1. pemilihan strain, 2. produksi regangan, 3. cara menyuntik makanan, 4. cara memastikan kelangsungan hidup selama pemrosesan, 5. cara menghindari hilangnya kelangsungan hidup selama penyimpanan, 6. cara menghitung [Probiotik] Jumlah koloni, 7. Efek pada sifat sensorik makanan, 8. Stabilitas [pelestarian produk] di rumah konsumen, 9. Dan berperan dalam saluran pencernaan.
Secara khusus, dalam jus, asam organik sering membawa pH produk di bawah 4, yang akan menghambat kelangsungan hidup probiotik. Dalam seleksi, probiotik yang mentolerir pH rendah harus dipertimbangkan, seperti Lactobacillus over Bifidobacterium.